UPT Laboratorium Terpadu yang dahulunya bernama Laboratorium Dasar mulai dioperasikan sejak tahun 2015. Saat berstatus laboratorium Dasar, UPT Laboratorium Terpadu merupakan tempat pengadaan kegiatan-kegiatan pembelajaran mata kuliah dasar seperti keagamaan, penjasorkes, praktikum kimia dasar, fisika dsar, dan praktikum lain untuk seluruh jurusan di lingkungan UPN Veteran Yogyakarta. Pendirian Laboratorium Dasar pertama digagas oleh Ir. Sri Suhendri salah seorang Dosen Teknik Kimia UPN Veteran Yogyakarta. Adapun estafet kepemimpinan di Laboratorium Terpadu ini antara lain sebagai berikut :

1. Ir. Sri Suhendri (1994 – 1998)
2. Ir. Harso  Pawingnyo, M.T. (1998 – 2006)
3. Ir. M. Syahri, M.T. Ph.D (2006 – 2014)
4. Dr. Adi Ilcham, M.T. (2014 – 2017)
5. Dr. Ir. Ramli Sitanggang, M.T.  (2017 – 2021)
6. Dr. Ir. Joko Soesilo, M.T., IPM (2021 – sekarang)